L’abbazia di San Pietro ad Assisi ha origine tra la fine del X secolo e i primi decenni dell’XI, in un’area precedentemente occupata da una necropoli romana. Inizialmente collocata al di fuori del perimetro urbano, la fondazione si inserisce nel più ampio processo di organizzazione del territorio promosso dai monaci benedettini del Subasio, volto alla creazione di presidi religiosi in posizioni strategiche del contado.
La presenza del monastero è attestata con certezza nel 1029, come documenta un manoscritto conservato nell’Archivio capitolare di San Rufino. Nel corso del Medioevo la comunità monastica consolidò progressivamente il proprio ruolo, intrecciando la propria storia con quella di altri centri religiosi locali, in particolare con l’abbazia di San Vetturino, della quale ereditò beni e reliquie quando questa entrò in declino.
Nel XIII secolo l’abbazia visse una fase di profonda trasformazione: dopo oltre due secoli di presenza benedettina, intorno al 1252 subentrarono i Cistercensi, ai quali si deve il completamento della chiesa e del complesso monastico. La consacrazione dell’edificio avvenne nel 1254 per opera di papa Innocenzo IV.
L’inclusione dell’abbazia entro le mura cittadine si verificò soltanto nel XIV secolo, a seguito dell’ampliamento urbano che portò alla realizzazione della porta omonima. Nei secoli successivi il complesso conobbe vicende alterne: tra XV e XVI secolo furono eseguiti interventi di ampliamento e riorganizzazione, mentre nel 1577 i monaci furono sostituiti da un collegio di sacerdoti secolari, periodo durante il quale si registrò la dispersione di parte consistente del patrimonio documentario e liturgico.
Il ritorno dei Benedettini, sancito nel 1613 da papa Paolo V, segnò una nuova fase di sviluppo. Nel corso del Seicento gli edifici furono profondamente rinnovati, assumendo in larga misura l’aspetto attuale. Dopo le soppressioni di età napoleonica, il complesso fu temporaneamente destinato ad altri usi, tra cui quello di ospedale, per poi tornare a svolgere una funzione religiosa stabile.
Nel XIX secolo l’abbazia evitò ulteriori soppressioni grazie all’istituzione di una colonia agricola destinata alla formazione dei giovani, mantenendo nel tempo una continuità di vita monastica. Oggi è sede di una comunità benedettina cassinese che cura anche la parrocchia.
Dal punto di vista architettonico, la chiesa rappresenta un significativo esempio di romanico umbro del XIII secolo. La facciata, costruita in pietra rosa del Subasio, è organizzata su due livelli scanditi da archetti pensili e lesene, con tre portali sormontati da altrettanti rosoni. Il portale centrale è affiancato da due leoni e decorato da motivi a racemi e teste animali. In origine la facciata terminava con un timpano, demolito dopo il terremoto del 1832 .
Una lunga iscrizione corre lungo la cornice marcapiano, ricordando l’abate Rustico e la conclusione dei lavori nel 1268. Delle tre absidi originarie, quella centrale è semicircolare, quella sinistra rettangolare, mentre la piccola absidiola destra è oggi murata .
L’interno è articolato in tre navate divise da pilastri rettangolari. La navata centrale, molto elevata e priva di finestre, riceve luce dal grande rosone. Le coperture alternano travature lignee e volte a botte. Il presbiterio, rialzato per la presenza della cripta, è sovrastato da una cupola costruita con anelli concentrici di conci aggettanti, un tempo rivestiti da terrecotte smaltate.
Il restauro del 1954 eliminò gli altari barocchi e riportò a vista le murature. Nella controfacciata si trovano monumenti funebri trecenteschi della famiglia Soldani; altri quattro monumenti simili sono collocati ai lati del presbiterio. Sotto l’altare maggiore è conservato il sarcofago con il corpo di san Vittorino, terzo vescovo di Assisi.
Nel transetto sinistro si apre la cappella del Santissimo Sacramento, con affreschi trecenteschi e un’Annunciazione. Nelle officine monastiche sono esposti un trittico di Matteo da Gualdo (1468–1475) e un affresco con san Benedetto tra due santi.
Nel passaggio verso la cripta, sulla parete destra, è visibile un fiore a sei petali, interpretato come segno della presenza templare all’interno del complesso.
Nel complesso, l’abbazia di San Pietro costituisce una delle più rilevanti testimonianze della presenza monastica benedettina ad Assisi, nonché uno degli ultimi esempi di architettura monastica realizzati prima dell’affermazione dell’ordine francescano nella città.