Il Museo archeologico e centro di documentazione siti territoriali, inaugurato nel 2010 ha sede nell'ex palazzo comunale e ospita una documentazione relativa al materiale rinvenuto a partire dalla fine degli anni ’80.
Il Museo di Anatomia Umana dell'Università degli Studi di Perugia è stato fondato a scopo didattico nel 1814 da due importanti medici perugini: Cesare Massari e Goffredo Belisari.
Il palazzo Municipale del Comune di Spoleto, il cui nucleo originario si data al secolo XIII, è oggi visibile nel suo aspetto settecentesco, scaturito da numerose fasi edilizie che si resero necessarie nel corso dei secoli.
Il Museo della Biga si trova presso gli ambienti inferiori del complesso dell'ex Convento di San Francesco, è la copia su scala 1:1 di una biga/carro da parata etrusco del V secolo a.C., rinvenuto nel 1902 in Località Colle del Capitano.
Il Museo, inaugurato a Santa Maria degli Angeli, frazione di Assisi, il 24 febbraio 2017 è situato in viale Gabriele D'annunzio presso il complesso industriale ex stabilimento chimico della Montedison, disegnato dall'Arch. Morandi e sottoposto a tutela architettonica
Il “Museo della Memoria, Assisi 1943-1944” si trova all’interno del palazzo vescovile di Assisi ed è costituito da materiali inerenti ai vari personaggi che si spesero in prima persona per salvare gli ebrei arrivati in Assisi negli anni 1943-1944.
La collezione museale di Gianluigi Bini, con i suoi 600.000 esemplari per oltre 15.000 specie, è considerata la più vasta raccolta privata d’Europa.
La raccolta è ospitata in alcuni ambienti del chiostro della chiesa di San Francesco a Gubbio.